Der Werbellinsee entstanden während des Abschmelzens der Gletscher der Weichselvereisung vor 16 000 Jahren. Unter dem mehrere hundert Meter dicken Eispanzer der Gletscherzunge flossen in Folge der Erderwärmung die Schmelzwässer in riesigen Mengen ab. Sie schufen die tiefe und enge Rinne des Werbellinsees. Ein riesiger, rund 55 Meter starker Eisblock hatte die Verbindung zum wandernden Gletschermassiv verloren und blieb in der Rinne zurück. Er wurde reichlich mit Sandmassen zugedeckt, die die Schmelzwässer anschwemmten. Der Eisblock lag schätzungsweise 6 Jahre unter den Sandmassen, bis er völlig zum Werbellinsee abgeschmolzen war.